Выдающийся отечественный ученый, горячий патриот родины, педагог и мыслитель, великий гуманист Николай Иванович Пирогов прибыл в Одессу в октябре 1856 г., где развил разностороннюю научную и организаторскую деятельность. Уже 30 октября 1856 г. направил совету Ришельевского лицея запрос, касавшийся различных стадий его учебной и научной деятельности. В январе 1857 г. Н. И. Пирогов представил министру народного просвещения докладную записку «О ходе просвещения в Новороссийском крае и вопиющей необходимости преобразования учебных заведений». Основной смысл записки сводился к необходимости преобразования Одесского лицея в университет. Н. И. Пирогов широко использовал в своей врачебной практике лечебные свойства одесских лиманов.
Его реформаторская деятельность не отвечала взглядам реакционной администрации края. Это явилось причиной указа от 18 июля 1858 г. о переводе Н. И. Пирогова на пост попечителя Киевского учебного округа.